Как ни странно, интеллигентность не стала помехой его карьере. Начав, как и все молодые офицеры, с должности командира взвода, Николаев прошел все ступени служебной лестницы, был командиром роты, батальона, начальником штаба и командиром полка и дивизии, первым заместителем командующего армией и командующим армией, успешно окончил Военную академию имени Фрунзе и академию Генерального штаба. В сорок три года стал первым заместителем начальника генштаба, а через год, когда из расформированного КГБ вывели пограничников, указом президента Ельцина был назначен главнокомандующим Пограничными войсками России, а затем директором Федеральной пограничной службы РФ.
Стремительность карьерного роста Николаева многим казалась загадочной, но все попытки вычислить "волосатую руку" в прежнем руководстве СССР или тайные связи с Ельциным ни к чему не привели. Не было руки, не было никаких связей. Пришлось согласиться с тем, что своей карьерой Николаев обязан только самому себе, своей исполнительности, инициативности и обостренному чувству офицерской чести, запрещающей угодничать перед начальством и перекладывать ответственность на других. На него работало время. Подобно тому как в трудную пору войны на высшие командные посты выдвигались люди, умевшие воевать, так и в первые постсоветские годы оказались востребованы профессионалы, на которых власть могла положиться. Таким профессионалом и оказался Николаев, "генерал со скрипкой".
В 1993 году, когда он возглавил погранслужбу, самое катастрофическое положение сложилось на Дальнем Востоке. Японские траулеры и сейнеры беспрепятственно браконьерничали в российских водах, а сторожевики пограничников стояли у причальных стенок из-за нехватки горючего. Квоты на вылов рыбы раздавались за взятки. Капитаны судов дальневосточного рыболовного флота, ставшими частными после поспешного акционирования, ни с какими квотами не считались, вывозили улов в Японию и сдавали оптовикам за наличную валюту или прямо в море перегружали морепродукты и крабов на японские суда. Страна теряла миллиарды долларов, рыбные запасы России стремительно истощались. Все попытки центральной и местной власти навести порядок наталкивались на ожесточенное сопротивление набравшей огромную силу рыбной мафии.
Очень немногие знали, чего стоило Николаеву переломить ситуацию. Борьба с Минфином за увеличение финансирования оказалась не самой трудной проблемой. Было все: предложения взяток в миллионы долларов, угрозы и покушения на ближайших сотрудников. В море разворачивались настоящие сражения - с погонями, с обстрелами браконьерских судов. На телевидении замелькали сюжеты о задержании японских траулеров и конвоировании их в российские порты. Опустели оптовые рыбные рынке на Хоккайдо и Окинаве.
Но деньги дальневосточной рыбной мафии доходили в Москве до самых верхов. Иначе ничем нельзя было объяснить растущее недовольство в близких к правительству и президенту кругах активностью главного пограничника. Когда нельзя предъявить никаких обвинений по делу, всегда находятся обходные пути. Пошли разговоры о непомерной амбициозности Николаева, превращающего погранслужбу в такого же монстра, каким был КГБ. На экстренном совещании в Кремле после нападения боевиков Басаева на Буденновск президент Ельцин, болезненно ревнивый к чужим успехам, обвинил директора ФПС в том, что он оставил без охраны границу между Дагестаном и Чечней. Обвинение было нелепым, такой границы никогда не существовало. Николаев не стал оправдываться, но на следующий день подал рапорт об отставке. Ельцин понял, что напрасно дал волю своему раздражению, и отставку не принял.
Перед Николаевым следовало извиниться, но главнокомандующий не извиняется перед генералом. Здесь вам не тут. Президент пригласил строптивого пограничника в свой кабинет в Кремле, после часовой беседы с глазу на глаз одобрил все его действия на Дальнем Востоке и увеличил финансирование погранслужбы с заложенных в бюджет трех миллиардов рублей до восьми. Это и было извинением президента. А спустя еще некоторое время приказал вылететь на Северный Кавказ и навести порядок на осетино-грузинской границе.
Во Владивостоке вздохнули с облегчением, а во Владикавказе поняли, что пришли тяжелые времена.
Граница между Северной Осетией и самопровозглашенной Южной Осетией, юридически считавшейся территорией Грузии, проходила по Главному Кавказскому хребту и никакой границей не была в том смысле, какой обычно вкладывается в это понятие. Невозможно было контролировать многочисленные горные тропы, по которым передвигались только пешком и с вьючными лошадями. Лишь на Военно-грузинской дороге и Транскавказской магистрали, по которым через Рокский и Дарьяльский тоннели шли все грузы из России в Закавказье и из Закавказья в Россию, стояли постоянные погранзаставы. Между ними была пятикилометровая нейтральная полоса, на которую ни Россия, ни Грузия никогда не претендовали. Спиртовозы использовали эту ничейную землю, чтобы по грунтовым дорогам и руслам ручьев объезжать осетинские таможни. Тягачи тяжелых цистерн там не проходили, но машины поменьше просачивались без труда.
После того, как по приказу генерала Николаева граница была выдвинута на полтора километра на нейтральную полосу и в Верхнем Ларсе и Нижнем Зарамаге пограничные шлагбаумы встали сразу на выезде из тоннелей, все пути американскому спирту оказались наглухо перекрытыми. Поначалу осетинские водкозаводчики не увидели в этом большой беды. Дело привычное: чем строже, тем дороже. Но ни погранцы, ни таможенники никаких денег не брали после того, как Николаев за взятки отдал под трибунал нескольких офицеров, а прокуратура по его требованию посадила в СИЗО начальника таможни в Верхнем Ларсе и двух его замов.